Молоканское движение, как одно из духовных направлений христианства, возникло на территории Российской Империи еще в XVIII веке, и достигло своего наибольшего распространения и рассвета в начале XIX века. В связи с тем, что духовные убеждения молокан сильно отличались от традиционного для России православия, руководством империи было принято решение выслать молокан подальше от ее центральной территории, в частности, на юг. Так, при Екатерине II молокан высылали в тогдашние Таврическую и Бессарабскую губернии, а при царе Николае I молокан начали больше высылать в Закавказье.

Таким образом первые молокане появились на территории современного Азербайджана в 1834 году. В этом время было основано село Алты-Агач в долине горной реки Ата-чай. Приехавшие переселенцы прибыли из Таврической, Бессарабской, Владимирской, Оренбургской, Тамбовской и Саратовской губерний. Всего приехало 310 семей, и по состоянию на 1839 год население упомянутого села составляло 1681 человек. Со временем количество молоканских сел увеличилось в различных районах Азербайджана в окрестностях Баку. Таким образом образовывалась бакинская молоканская община.