Ханкенди расположен в регионе Карабах Азербайджанской Республики. Город имеет долгую и сложную историю, которая восходит к древним временам.
В 18 веке эта территория перешла под контроль Карабахского ханства, полунезависимого государства, которым управляла одноименная азербайджанская тюркская племенная династия. Город Ханкенди был основан в 1750 году Панах Али Ханом, основателем Карабахского ханства, как военный форпост для защиты региона от захватчиков.
В начале 19 века регион перешел под контроль Российской империи, которая аннексировала Карабахское ханство в 1822 году. В этот период Ханкенди оставался небольшим городом с преимущественно азербайджанским населением.
После русской революции 1917 года регион стал частью Закавказской Демократической Федеративной Республики, которая в 1922 году была включена в состав Советского Союза. Ханкенди стал столицей Нагорно-Карабахской автономной области, административной единицы в составе Азербайджанской Советской Социалистической Республики. 10 августа 1923 года название города было переименовано в честь руководителя Бакинской коммуны Степана Шаумяна — Степанакерт.
В конце 1980-х годов напряженность между армянским и азербайджанским населением Нагорного Карабаха переросла в полномасштабную войну. В результате Ханкенди стал прифронтовым городом и понес значительный ущерб во время конфликта.
